Supah Ninjas
Mike descobre que ele pertence a uma antiga linha familiar de ninjas e agora ele e seus amigos serão treinados nas artes marciais pelo holograma de seu avô.
O Herói das Sombras
Mike Fukanaga é um tímido aluno do ensino médio que descobre ter vindo de uma linhagem de ninjas e se torna o líder de uma equipe de combatentes do crime.
Harley Duas Toneladas
Um famoso vilão escapa de uma prisão e se deixa pegar para poder se juntar a sua gangue numa outra prisão. A ideia é fugirem juntos e destruírem as ruas.
Xeque-Mate
Os Supah Ninjas descobrem que Xeque-Mate é o responsável pelo desaparecimento de um detetive de polícia. Agora eles terão que entrar no jogo do vilão.
Katara
Katara Sharp, é uma ladra obcecada por roubar antiguidades inestimáveis. Ela faz o que for necessário para conseguir o que quer.
Mechanov
Martin e Mike se deparam com os filhos de Mechanov, Serra e Óptico. Cabe a Owen e Amanda salvá-los e Mike começa a ver seu pai desajeitado com outros olhos.
Os Subsidiários
Owen descobre que um amigo faz parte da gangue dos Subsidiários e se infiltra no grupo para salvá-lo. Mike e Amanda lidam com a perda temporária do amigo.
Komodo
Komodo, um ecoterrorista mascarado, quer se vingar de Arthur Vand de Hoosen. A relação entre Amanda e Mike muda com a volta de um antigo garoto à escola.
Sr. Bradford
O professor favorito da Amanda leva uma vida dupla. Ele injeta o DNA de insetos em si mesmo e seu experimento coloca em risco a vida de Amanda.
Ribalta
Ribalta sequestra celebridades para ser o centro das atenções. Os Supah Ninjas têm que detê-lo, enquanto Owen luta para manter suas habilidades em segredo.
Cara de Geleia
Cara de Geléia, um ladrão de jóias, quer se vingar daqueles que o prenderam. Com uma máscara de alta tecnologia, ele comete crimes se fazendo passar por outras pessoas.
Casa de Bonecas
Amanda é raptada por um vilão que tem o poder de transformar pessoas em bonecas. Owen e Mike tem que infiltrar o covil do vilão e resgatar Amanda.
Eternum
Dr. Eternum acha que tem o poder de mudar a natureza humana. Ele atrai os ninjas para testar sua teoria. Amanda tem que enfrentar Xeque-mate.
Academia Morningstar
Um grupo de ladrões disfarçados de alunas de escola escolhem como alvo a Casa da Moeda. Os Supah Ninjas tentam derrubar as meninas sem serem descobertos.
Terremoto
Terremoto aterroriza a cidade criando tremores destrutivos. Primo Connor suspeita que Mike e seus amigos são os Supah Ninjas protegendo a espada flutuadora.
X
Numa viagem de trem a uma convenção de quadrinhos, os Ninjas tem que deter X, um assassino contratado pela máfia para matar uma testemunha protegida por Martin.
O Magnífico
Mike e Owen tentam descobrir a verdade sobre o desaparecimento de um mágico. Cameron está cansado de levar bolos de Amanda, que prepara um encontro especial.
Ishina - Parte 1
O Clã Ishina espalha um vírus de computador pela cidade a fim de descobrir o paradeiro do dojo secreto de seus inimigos. Enquanto isso, Mike faz uma descoberta sobre seu destino.
Ishina - Parte 2
O Avô decide desfazer os Supah Ninjas. Os garotos voltam para suas vidas normais, mas sentem falta de serem ninjas. Mike reúne o grupo e assume seu destino.
Pontapé
Spencer, um nerd do colégio, é um aspirante a super-herói chamado Pontapé. Ele se mete com a máfia e cabe a Mike e Owen descobrir qual dos nerds é Pontapé.
Congelante
Amanda orienta Mike no seu primeiro encontro com Julie e fica claro que os dois ainda se gostam. Amanda enfrenta um vigilante que congela criminosos.
Dj Cabeça de Elefante
Mike e Amanda levam Owen ao show do seu DJ preferido, Cabeça de Elefante, que se revela um ladrão. Ele usa o show para roubar um diamante do museu.
Pele de Cobra
Ao ficar de fora da maior festa do ano, Owen faz a sua própria festa na casa de Mike. Amanda se divide entre os dois grupos e se depara com Pele de Cobra.
Detenção
Mike, Owen e Amanda vão parar na detenção com Kelly, Cameron e Trumball e terão que descobrir qual deles é Cara de Geleia, que assumiu a identidade de um aluno.
A Gange do Esqueleto
Vários assaltos acontecem e Mike responsabiliza a Gangue do Esqueleto, uma sociedade secreta ligada ao colégio Benjamin Rush. Amanda e Owen discordam dele.
Intervenção Ninja
Os Supah Ninjas precisam decidir se eles permanecerão ou não no anonimato após serem filmados pelas câmeras de segurança.
Primo Connor
Após uma tentativa frustrada de se infiltrar no clã Fukanaga, o primo Connor retorna em busca da espada flutuadora. Os primos se enfrentam em uma batalha.
