Ein mutierender Schleim verwandelt vier Haustier-Schildkröten in halbmenschliche Kreaturen. In der Kanalisation von Manhattan werden die Teenage Mutant Ninja Turtles geboren.
Aus Rache an den Turtles, Krang und Shredder kehrt die Fliege (alias Baxter Stockman) mit einem bösartigen Plan zurück. Während die Turtles gegen Shredder kämpfen, versucht das Insekt, die gesamte Gruppe mit tödlichem Gas auszulöschen.
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